有佛教史家言：汉藏教理院“学风不亚于昔日唐玄奘留学印度之那烂陀寺”，可见其作用之巨、影响之广。

1930年9月，太虚大师首次由沪入川，在重庆佛学社讲法。刘湘一向敬佛崇道，其母更是笃信佛教。因此，与太虚逢面时，刘谈自己准备派僧人入藏以促进汉藏交流的计划。太虚当即建议：“派僧入藏学习，不如在四川办一所藏文学院，培训汉僧学习藏文，作入藏学习之准备。同时西藏的活佛、喇嘛来川，也有讲习接待之处，沟通汉藏文化，联络汉藏感情，岂不两全齐美？”刘湘深以为然，即借助幽静的北碚缙云山缙云寺筹备。

1932年秋，汉藏教理院正式开学。太虚大师任院长，刘湘任名誉院长。汉藏教理院课程十分丰富，以藏文、佛学为主，兼授历史、地理、文学、艺术、法律、农业、伦理、卫生等学科。

太虚在开学典礼上口占五律诗云：“温泉辟幽径，斜上缙云山。岩谷喧飞瀑，松杉展笑颜。汉经融藏典，教理扣禅关。佛地无余障，人天任往还。”寄希望于学员们在如此深秀优美的环境中，要将“汉经”、“藏典”融汇贯通，用博学的“教理””去透彻“禅关”，领悟佛法。

太虚对卢作孚在北碚肃清匪患开始生产建设与文化建设，极表赞赏，曾在峡防局作《建设人间净土》的讲演：“余觉佛法上所明净土之义，不必定在人间以外，即人间亦可改造成净土。虽人世有烦恼生死痛苦斗争等危险，但若有适当方法而改造之，因可在人间建设净土也。”

汉藏教理院在“双柏精舍”内设立编译处，主要是翻译出版汉藏丛书。编译处历年编译的书籍，有《菩提道次第广论》《西藏民族政教史》《佛教各宗派源流》《现代西藏》等大小共40余种，运销西康、青海各地。《汉藏合璧读本》《藏文读本》等书，被教育部采用为办理边疆事务教育的教材。

除讲佛学外，太虚还教学生写诗，练习平仄声调。为了说明七绝诗格调，他曾写了一首冒雨乘滑竿赴北碚的七绝诗：

斜雨横风一滑竿，崎岖况值下山难；

也同国势阽危甚，要仗心坚胆不寒。

诗中情景交融，借雨中下山譬喻为学做事的艰难，并引申出虽“国势阽危”，而“心坚胆不寒”，保国之信念坚定，才能取得最后的胜利。抒发了关心国难，不怕艰难险阻的思想。

抗日战争时期国民政府迁都重庆，各方支持力量迅速增加，汉藏教理院也步入它最为辉煌之时。蒋介石、林森、张群、陈立夫等军政要员，郭沫若、老舍、田汉、梁漱溟等文化界人士纷至沓来。或避日机轰炸，或讲学郊游，或谈禅论道，或吟诗作对，使之成为一个开放的学术殿堂，学员饱受其益，日后分化各方，皆为一地之翘楚。